Samuel Ellis erwarb die kleine Insel 1770 während der amerikanischen Revolution. 1785 versuchte Ellis das Land wieder zu verkaufen, jedoch ohne Erfolg. Nach seinem Tod, 1807, übernahm der Bundesstaat New York die Insel. Ein Jahr später kaufte die Bundesregierung die Insel für 10.000 $. Ab 1861 lautete der offizielle Name der Insel Ellis Island. Nach unterschiedlichen Nutzungen wurde sie 1890 als Einwanderungsstandort für den Hafen von New York gewählt.
Die Insel bestand eigentlich nur aus 3 Hektar weichen Schlamm und Lehm und war extrem niedrig. Zweimal wurde sie durch künstliche Landgewinnung vergrößert bis eine Fläche von 11,1 ha entstand. Der ersten Insel mit 3 ha folgte eine zweite mit Krankenhaus und Verwaltungsgebäude, dann eine dritte Insel von fünf Hektar, die ein zusätzliches Krankenhaus zur Isolierung von Einwanderern mit ansteckenden Krankheiten bekam. 150.000 $ wurden für die Bauten bereitgestellt, um diese kleine, schlammige Insel nutzbar zu machen. Das Material für die Landaufschüttung stammte von den Ausschachtungen der Grand Central Station.
Die ersten Gebäude wurden aus Kiefernholz gebaut. Das Hauptgebäude war zwei Stockwerke hoch, etwa 400 Meter lang und 150 Meter breit. Vierstöckige spitze Türme markierten die Ecken des Gebäudes. Als die Immigration-Station offiziell am 1. Januar 1892eröffnet wurde, hatten die Kosten ca. 500.000 $ erreicht.
Bis zum 17. Dezember 1900 wurden die erforderlichen Gebäude auf Ellis Island fertiggestellt. Sie waren für eine Gesamtkapazität von ca. 500.000 Immigranten jährlich ausgelegt, mussten aber zeitweise fast doppelt so viele abfertigen. Die Spitzenwerte lagen bei 12.000 Menschen pro Tag. 1907 wurden 1.285.349 Einwanderer abgefertigt.

Ellis Island

Annie Moore, eine Irin, war die erste Immigrantin (* 1. 1.1877; † 1923), die am 1. Januar 1892 über die zentrale Sammelstelle auf Ellis Island in die USA einwanderte. Sie erreichte New York am 31. Dezember 1891 zusammen mit ihren Brüdern Philip und Anthony. Am nächsten Morgen, ihrem 15. Geburtstag, musste sie die Prozedur der Einwanderungsbehörde über sich ergehen lassen. Annie Moore verließ New York nie, sie heiratete den deutschen Einwanderer Joseph Augustus Schayer, mit dem sie elf Kinder hatte. Moore starb 1923 und liegt auf dem Calvary Cemetery in Queens begraben. Das Grab konnte ihr erst 2006 zugeordnet werden. 1993 wurde stellvertretend für alle Migranten im Ellis Island Immigration Museum eine Bronzestatue von Annie Moore errichtet.
Die Einwanderer nannten Ellis Island die Insel der Tränen, da sich hier das Schicksal einzelner Einwanderer und Familien entschied. Die Einwanderer wurden gleich zu Beginn in Kategorien eingeteilt und mit Kreidezeichen versehen: H für ein Herzleiden, S stand für Senilität, ein Ct für die Augenkrankheit Trachom und ein X für eine psychische Erkrankung. Wer es geschafft hatte ging durch eine Tür mit der Aufschrift „Push to New York“. Dieser Prozess der Einwanderung konnte mehrere Tage dauern. Glücklich waren die Familien, die es geschafft hatten. Aber sehr oft trennten sich hier die Wege von Familien und soziale Gemeinschaften: diejenigen die hier bleiben durften und diejenigen, die wieder zurückfahren mussten. Nachts wurden die Familien getrennt, Männer und Frauen schliefen in verschiedenen Abteilungen. 3000 Menschen starben auf Ellis Island und 350 Kinder wurden geboren.

Große Abfertigungshalle

Ein neues umfassenderes Einwanderungsgesetz wurde im Frühjahr 1891 verabschiedet. Während früher die Dampfschiffunternehmen verantwortlich für ihre Passagiere vor Verlassen Europas waren, wurden sie jetzt auch verantwortlich gemacht für die Zurückkehrenden, für die Kosten ihrer Unterkunft und Verpflegung während sie in Haft in den Vereinigten Staaten waren. Ausländer, die illegal einreisten, wurden abgeschoben. Dieses strengere Gesetz, eine Cholera im Jahre 1892 und die finanzielle Krise 1893 begann seine Wirkung zu zeigen. Die Zahl der Zuwanderer, die in New York ankamen, ging ständig zurück.
In der Nacht vom 14. Juni 1897 brach ein Brand auf Ellis Island aus. Die Gebäude aus Holz gingen in Flammen auf, als wären sie aus Papier gemacht worden. Das Schieferdach des Hauptgebäudes stürzte innerhalb einer Stunde ein. Zur Zeit des Brandes befanden sich 200 Einwanderer auf der Insel. Kein Einziger verlor sein Leben. Der Kongress genehmigte sofort 600.000 $, um die Gebäude zu ersetzen. Während der nächsten 2 ½ Jahre wurden die Immigranten wieder auf dem Bark-Office im Battery Park abgefertigt.
Mit dem Ausbruch des Ersten Weltkrieges 1914 hörte die Einwanderung nach Amerika praktisch auf. Viele europäische Nationen schlossen ihre Grenzen, die Meere waren zu unsicher und die Arbeitslosigkeit in Amerika war auf dem Vormarsch.
Ellis Island war Aufenthaltsort für diejenigen, die nicht in die Vereinigten Staaten aufgenommen werden konnten und noch nicht in ihre Heimat zurückgeschickt werden konnten. Außerdem diente die Insel als Internierungslager für 1500 deutsche Seeleute und 2200 vermutete “Ausländer und Spione.”
Das große Krankenhaus wurde für die Betreuung von fast 700 verwundete Soldaten und Matrosen verwendet.
Mit dem Ende des Krieges wollten viele Amerikaner die Einwanderung beschränken. Organisationen waren bestrebt, die Anzahl der eingehenden Einwanderer zu reduzieren. 1917 wurde ein Gesetz verabschiedet, dass 33 Klassen von Ausländern festgelegte, die nicht zugelassen wurden. Dieses neue Gesetz reduziert die Zahl der Einwanderer bedeutend, aber 1921 kletterte die Zahl der Ankünfte noch einmal auf 500.000. Neue und strengere Gesetze im Jahr 1921 und ein Quotensystem im Jahr 1924 brachten weitere Veränderungen. Eine Bestimmung der neuen Gesetze verlangte nun, dass jeder Einwanderer beim amerikanischen Konsulat des Ursprungsland kontrolliert wurde, anstatt bei der Ankunft in Amerika. Das änderte das Einwanderungsystem für immer.
Im März 1955 wurde Ellis Island geschlossen und eine große Ära in der amerikanischen Geschichte ging zu Ende.
Über 20 Jahren tat sich nichts auf Ellis Island. 1965 wurde es unter die Verwaltung des National Park Service gestellt. Nach der Renovierung, die 1980 begann und 156 Mio. Dollar kostete, wurde das Hauptgebäude am 10. September 1990 als Ellis Island Immigration Museum wiedereröffnet. Ellis Island gehört sowohl zum Staat New York als auch zu New Jersey. Zwischen 1892 und 1954 kamen in Ellis Island etwa 12 Millionen Einwanderer an
Zum Museum gehört ein elektronisches Archiv mit den auf der Insel abgefertigten Einwanderern, welches auch über das Internet verfügbar ist. Auf der American Immigrant Wall of Honor findet man die Namen von Einwanderern, sofern die Nachfahren eine Spende von 100 Dollar getätigt hatten. Sie ist die weltgrößte mit Namen beschriftete Mauer.
Die Gebäude gliedern sich in vier Abschnitte: nördlich des Landungsbeckens befindet das Hauptgebäude mit den Museumsgebäuden. Am Kopfende des Beckens liegt das Empfangsgebäude, auf dem südlich davon gelegenen Inselteil zwei Gebäudeblocks: der südlichere an der Wasserfront wird von 18 Gebäuden gebildet, die über einen Gang pavillonartig miteinander verbunden sind.
Für Annie Moore, die erste Immigrantin auf Ellis Island am 1. Januar 1892, wurde 1993 auf der Insel und in ihrer Heimat im irischen Cobh je eine Bronzestatue errichtet.